Der Kanton Luzern zählte bis 2001 107 politische Gemeinden, 90 Korporationsgemeinden sowie 85 römisch-katholische, eine christkatholische und acht protestantische Kirchgemeinden. Diese alle unterstehen dem kantonalen Gemeindegesetz und sind somit verpflichtet, ein Archiv zu führen. Im Rahmen der Gemeindereform 2000 wurden verschiedene Gemeinden zu grösseren Einheiten zusammengefasst resp. fusioniert, per 1.1.2013 existieren noch 83 politische Gemeinden. Bei der Zusammenlegung der Gemeinden wird darauf geachtet, dass die Archive der ursprünglichen Gemeinden als eigenständige Fonds im neuen Gemeindearchiv erhalten bleiben. Die bedeutendsten Kommunalarchive des Kantons sind zweifellos die Stadtarchive von Luzern und Sursee. Aufgrund seiner Entstehungsgeschichte und der verschiedenen Aufteilungen gehen die Bestände des Stadtarchivs Luzern, mit Ausnahme der Gült- und Kaufprotokolle, nicht vor das 19. Jahrhundert zurück. Neben der Stadtverwaltung ab 1832 sind insbesondere die Bau- und Architekturgeschichte der Stadt dokumentiert.
Wichtige ältere Bestände besitzt das Stadtarchiv Sursee. Die Reihe von über 300 Urkunden beginnt in der Mitte des 13. Jahrhunderts. Bei den Büchern sind vor allem die 1548 beginnende Serie der Ratsprotokolle zu nennen, die Umgeld- und Stadtrechnungen von 1469 an und zahlreiche Urbare, Zinsverzeichnisse und Rechnungen vorwiegend aus dem kirchlichen Bereich.
Im Unterschied zu den Staatsarchiven anderer Kantone, wie z. B. Graubündens oder des Thurgaus, hat das Luzerner Staatsarchiv keine Aufsichtskompetenz oder -pflicht über die Gemeindearchive. Das Gemeindegesetz wendet das kantonale Archivgesetz jedoch sinngemäss auch auf die Gemeindearchive an. Infolge der fehlenden personellen Ressourcen kann das Staatsarchiv die Gemeindearchive nur in sehr beschränktem Umfang fachlich unterstützen. Es ist deshalb auch praktisch unmöglich, sich über die Bestände der Gemeindearchive einen Überblick zu verschaffen. In den letzten Jahren wurden allerdings vermehrt durch private Archivdienstleister Erschliessungsarbeiten vorgenommen und Repertorien (Verzeichnisse) erstellt, die teilweise auch in der Bibliothek des Staatsarchivs vorliegen. Das Verwaltungsschriftgut der Gemeindearchive geht im Allgemeinen nicht vor das Jahr 1832 zurück. Damals war die Geburtsstunde der Luzerner Gemeinden in ihrer heutigen Form und Struktur.
Wesentlich weiter zurück, nämlich bis ins Spätmittelalter, reicht das Schriftgut in den Archiven der Korporationen des Kantons. Leider ist es grösstenteils noch nicht erschlossen und meist nur schwer zugänglich. Das Archiv der Korporation Luzern ist im Staatsarchiv deponiert, die Urkunden der Korporation Winikon (1482-1827) sind in Transkriptionen greifbar. Einzelne Verzeichnisse liegen in der Bibliothek des Staatsarchivs vor.
Eine Sonderstellung nimmt das Entlebucher Heimatarchiv in Escholzmatt ein. Der Grundstock seiner Bestände geht auf das Archiv der ehemaligen Landvogtei zurück. Zu nennen sind vor allem die Urkunden (1358-1818), Kopialbücher und das Landrecht von 1491. Hier liegt auch der Nachlass von Bundesrat Josef Zemp.