Was die Dekanatsarchive betrifft, so befinden sich diejenigen des ehemaligen Vierwaldstätterkapitels, des Dekanats Luzern-Pilatus (früher Luzern-Land, bzw. Luzern), Luzern-Habsburg, Luzern-Stadt,Willisau, Entlebuch und Hochdorf im Staatsarchiv. Das Archiv des Dekanats Ruswil-Sursee liegt im Stadtarchiv Sursee. Das Archiv der römisch-katholischen sowie der evangelisch-reformierten Landeskirche des Kantons Luzern befindet sich ebenfalls im Staatsarchiv Luzern.
Während sämtliche demographischen Quellen bis 1875 aus den Pfarrarchiven des Kantons Luzern (Geburts-, Ehe- und Sterberegister, Jahrzeitbücher, Bruderschaftsverzeichnisse) den Benützerinnen und Benützern auf Mikrofilmen zur Verfügung stehen, sind die übrigen Bestände der Pfarrarchive in etwa einem Fünftel der Pfarreien erschlossen.
Die meisten Klöster im Kanton Luzern sind entweder aufgehoben oder mit anderen vereinigt worden. Ihre Archivbestände sind mit Ausnahme eines Teilbestandes von Rathausen, dessen Konvent sich schliesslich in Thyrnau (Bayern) niederliess, ins Staatsarchiv überführt worden. Lediglich die Klöster des Kapuzinerordens (Männerklöster Luzern, Sursee und Schüpfheim, Frauenkloster St. Anna, Luzern) und das Zisterzienserinnenkloster Eschenbach blieben bestehen und haben ihre Archive behalten. Die Männerklöster Schüpfheim und Sursee wurden inzwischen vom Kapuzinerorden mangels Nachwuchs aufgegeben. Ihre Archive befinden sich im Kapuzinerkloster Luzern auf dem Wesemlin, weil dieses das Provinzarchiv der Schweizer Kapuziner verwaltet. Von den später gegründeten Niederlassungen im Kanton Luzern seien die Baldegger Schwestern erwähnt, deren Ursprung auf das Jahr 1830 zurückgeht und die seit 1859 eine franziskanische Ordensgemeinschaft sind. Ihr Archiv befindet sich in Baldegg. Ebenfalls seit 1830 sind die Spitalschwestern von Besançon in Luzern tätig. Seit 1977 sind sie von der Mutterkongregation unabhängig. Ihr Archiv befindet sich zum Teil im Mutterhaus in Besançon, zum Teil im Staatsarchiv Luzern. Ebenfalls über ein erschlossenes Archiv verfügt die Gemeinschaft der St. Anna-Schwestern in Luzern, die zu Beginn des 20. Jahrhunderts gegründet wurde, welches sich ebenfalls im Staatsarchiv Luzern befindet.
Das 1455/56 aus dem Benediktinerkloster Luzern entstandene Kollegiatstift St. Leodegar im Hof vertraute sein Archiv mit einem bedeutenden Urkunden- und Bücherbestand 1992 dem Staatsarchiv als Dauerleihgabe an. Das Kollegiatstift Beromünster dagegen hat sein Archiv bis heute behalten. Seine Bestände umfassen ca. 1600 Urkunden, rund 1240 Archivbände sowie einen grossen Aktenbestand zur Stiftsgeschichte und zur Wirtschafts- und Verwaltungsgeschichte des Michelsamtes.